Podwójne fakturowanie – zarówno w Krajowym Systemie e-Faktur (KSeF), jak i poza nim – stanowi istotne wyzwanie dla odbiorców faktur. Dodatkowe problemy pojawiają się przy fakturowaniu na przełomie miesiąca, odliczaniu VAT oraz prawidłowym oznaczaniu transakcji w plikach JPK_VAT. Poniżej przedstawiamy rozwiązania tych kwestii.
Krajowy System e-Faktur (KSeF) został rozszerzony na szerokie grono przedsiębiorców od 1 kwietnia bieżącego roku. Pomimo tego, wielu z nich nadal otrzymuje od swoich kontrahentów faktury wystawione w dotychczasowych formatach, takich jak dokumenty papierowe lub pliki PDF. Powoduje to sytuację podwójnego fakturowania – w KSeF i poza systemem.
„Obserwujemy, że część przedsiębiorców nie ma pewności, które faktury powinny zostać przesłane do KSeF, a które są z tego obowiązku zwolnione” – mówi Monika Piątkowska, doradca podatkowy z fillup k24 i e-pity.
Często zdarza się, że faktury wystawione i wysłane kontrahentowi w marcu są następnie wprowadzane do KSeF w kwietniu. Ekspertka dodaje, że pojawiają się również przypadki, gdy faktura wystawiona na początku kwietnia jest dostarczana kontrahentowi tradycyjną drogą, a dopiero po kilku dniach ten sam dokument jest wprowadzany do KSeF. Poniżej przedstawiamy, jak postępować w takich sytuacjach.
Zuzanna Kwiatkowska, ekspert księgowo-podatkowy fillup k24, podkreśla, że „większość księgowych już nie wdraża systemu, lecz zmaga się z jego codziennymi konsekwencjami i problemami”. Tłumaczymy, jak sobie z nimi poradzić.
Co z odliczeniem VAT, jeśli fakturę otrzymano poza KSeF?
Monika Piątkowska wyjaśnia, że w przypadku otrzymania faktur od kontrahentów w tradycyjnej formie, np. papierowej lub w formacie PDF, „przedsiębiorcy nadal przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z takich faktur zakupowych (otrzymanych poza KSeF)”.
Takie stanowisko jest potwierdzane przez organy podatkowe w licznych interpretacjach podatkowych (m.in. 0114-KDIP1-3.4012.88.2026.1.KAB z dnia 24 marca 2026 r., 0113-KDIPT1-2.4012.1209.2025.1.PRP z dnia 10 lutego 2026 r.).
Jaka jest data otrzymania faktury, jeśli dostarczono ją poza KSeF?
Monika Piątkowska tłumaczy, że „jeśli przedsiębiorca otrzymał fakturę zakupową poza KSeF, datą jej otrzymania jest data faktycznego doręczenia jej nabywcy”.
Gdyby jednak faktura została wystawiona w KSeF, datą jej otrzymania jest dzień „przydzielenia jej numeru KSeF” (zgodnie z art. 106na ust. 3 ustawy o VAT).
„Zatem otrzymując fakturę poza KSeF, nie ma przeszkód, aby posługiwać się nią i odliczyć podatek VAT za okres, w którym została doręczona (zgodnie z datą jej faktycznego otrzymania)” – dodaje Monika Piątkowska.
Analogicznie, jeśli sprzedawca prześle nabywcy fakturę poza KSeF, a następnie wprowadzi ten sam dokument do KSeF, nabywcy przysługuje prawo do odliczenia VAT z faktury otrzymanej poza systemem.
Czy należy korygować JPK_VAT, jeśli fakturę otrzymano poza KSeF, a następnie sprzedawca wysłał ją do systemu?
„Przedsiębiorca, w związku z ponownym otrzymaniem faktury w KSeF, nie musi również korygować pliku JPK_V7 złożonego do urzędu skarbowego, w którym wykazał fakturę zakupową otrzymaną w formie papierowej lub elektronicznej (oznaczoną w JPK jako 'BFK’)” – wyjaśnia Monika Piątkowska.
Takie podejście znajduje potwierdzenie w interpretacji dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 30 marca 2026 r. (nr 0112-KDIL1-3.4012.67.2026.1.EO). Organ wskazał, że późniejsze udostępnienie faktury w KSeF, dokumentującej to samo zdarzenie gospodarcze, które zostało wcześniej udokumentowane fakturą dostarczoną spółce poza KSeF w formie papierowej lub elektronicznej i na tej podstawie ujęte w deklaracji VAT za dany okres, nie powinno skutkować obowiązkiem korygowania deklaracji VAT za ten okres wyłącznie w celu wykazania numeru identyfikującego fakturę w KSeF.
Co, jeśli faktura zostanie wysłana do KSeF z opóźnieniem?
„Najbardziej odczuwalną zmianą w KSeF jest brak 'zachowania’ daty wystawienia w rozumieniu, do którego przedsiębiorcy i księgowi byli przyzwyczajeni wcześniej” – mówi Zuzanna Kwiatkowska.
Ekspertka zaznacza, że przestaje mieć znaczenie moment wygenerowania dokumentu w systemie do fakturowania podatnika, a „kluczowy jest moment jego faktycznego wysłania do systemu KSeF”. „I tutaj zaczynają się realne problemy”.
„W praktyce obserwujemy sytuacje, w których faktury są generowane 'na czas’, ale ich wysyłka następuje kilka dni później, a czasem nawet w kolejnym miesiącu. Efektem jest przesunięcie momentu wystawienia w rozumieniu podatkowym, co bezpośrednio wpływa na rozliczenie VAT, a także na moment ujęcia kosztu u nabywcy. W przypadku VAT naliczonego może to oznaczać opóźnienie w prawie do odliczenia” – stwierdza Zuzanna Kwiatkowska.
Wizualizacje faktur bez numeru KSeF. Czy jest to możliwe?
„Drugim praktycznym problemem, z którym mierzą się biura rachunkowe, są wizualizacje faktur wysyłane w PDF, często bez numeru KSeF” – mówi Zuzanna Kwiatkowska.
W okresie przejściowym (przed 1 kwietnia) było to standardem – klient wysyłał kontrahentowi fakturę w formie PDF, kontrahent przekazywał ją do księgowości, a równolegle faktura trafiała do KSeF. „Problem zaczyna się wtedy, gdy wizualizacja nie zawiera numeru KSeF” – tłumaczy ekspertka. Według organów podatkowych, sprzedawca nie powinien udostępniać wizualizacji przed nadaniem jej numeru KSeF.
Jest to również problem dla księgowych. „Zdarza się, że taki dokument zostaje ujęty w ewidencji jako faktura 'spoza systemu’, czyli oznaczony w JPK_V7 jako BFK (dla faktur, które nie muszą mieć postaci ustrukturyzowanej), podczas gdy faktyczna faktura funkcjonuje w KSeF i powinna być wykazana z numerem systemowym. Jeżeli księgowy nie ma dostępu do KSeF klienta albo system nie jest zintegrowany, bardzo łatwo o przeoczenie. W skrajnych przypadkach dochodzi do podwójnego ujęcia tej samej transakcji – raz na podstawie PDF bez numeru KSeF, drugi raz na podstawie faktury pobranej z systemu” – mówi Zuzanna Kwiatkowska.
W przypadku faktur kosztowych, dodaje ekspertka, „oznacza to realne ryzyko zawyżenia kosztów i odliczenia VAT, czyli wprost uszczuplenia zobowiązania podatkowego”. W praktyce coraz częściej słyszy się z biur rachunkowych, że „kluczowe staje się nie tyle samo księgowanie dokumentów, ile ich identyfikacja i uzgodnienie z KSeF”.
„Warto mieć na uwadze, że jeśli fakturze nie został jeszcze nadany numer KSeF, sprzedawca ma możliwość wydania nabywcy potwierdzenia transakcji z dwoma kodami QR, które wskazuje, że faktura będzie wystawiona w KSeF. Sprzedawca nie powinien zatem przekazywać wizualizacji bez numeru KSeF” – potwierdza Zuzanna Kwiatkowska. Takie stanowisko prezentuje dyrektor KIS w interpretacjach indywidualnych (np. z dnia 3 kwietnia 2026 r., sygn. 0113-KDIPT1-2.4012.1219.2025.2.MC).
Problem z oznaczeniami faktur zagranicznych w JPK_VAT
Kolejny problem dotyczy oznaczeń DI w JPK_V7.
„W ciągu zaledwie dwóch miesięcy stanowisko organów zmieniło się diametralnie” – przyznaje Zuzanna Kwiatkowska.
Jeszcze w lutym organy podatkowe wskazywały, że dokumenty zagraniczne – dotyczące importu usług, WNT czy importu towarów – powinny być oznaczane jako DI, argumentując to tym, że nie są to faktury w rozumieniu ustawy o VAT. Wiele biur rachunkowych i podatników zastosowało się do tych wytycznych i tak oznaczyło transakcje w JPK za luty. Następnie w marcu podejście zostało zmienione i wskazano, że „jeżeli podstawą odliczenia VAT jest faktura źródłowa, to właściwym oznaczeniem jest BFK, a DI należy stosować wyłącznie tam, gdzie nie ma faktury i rozliczenie następuje na podstawie dokumentu wewnętrznego” (oznaczonego dodatkowo jako WEW). Ministerstwo Finansów potwierdziło to nowe podejście, porządkując interpretację.
„Nie zmienia to faktu, że część podatników ma już wysłane pliki JPK z oznaczeniami DI, które według aktualnego stanowiska są nieprawidłowe” – zauważa Zuzanna Kwiatkowska.
Wyniki Biznes Fakty:
Wprowadzenie obowiązkowego KSeF i związane z tym problemy techniczne oraz interpretacyjne stawiają przedsiębiorców przed nowymi wyzwaniami. Kluczowe jest dokładne śledzenie zmian w przepisach i wytycznych organów podatkowych, aby unikać błędów w rozliczeniach, które mogą prowadzić do konsekwencji podatkowych. W 2026 roku przedsiębiorcy muszą zwrócić szczególną uwagę na prawidłowe dokumentowanie transakcji, poprawne odliczanie VAT oraz stosowanie właściwych oznaczeń w JPK_VAT, aby zapewnić zgodność z nowymi regulacjami.
Według danych portalu: businessinsider.com.pl