Organy podatkowe najczęściej weryfikują rozliczenia podatników w mniej sformalizowanej formie, zwanej czynnościami sprawdzającymi. Prowadzi to do spadku liczby tradycyjnych kontroli podatkowych i celno-skarbowych. Niemniej jednak, skuteczność tych bardziej formalnych kontroli, obejmujących podatek dochodowy od osób fizycznych (PIT), podatek dochodowy od osób prawnych (CIT), ceny transferowe oraz podatek od towarów i usług (VAT), jest bardzo wysoka i przekracza 90 proc. Jeśli podatnik jest objęty kontrolą, istnieje wysokie prawdopodobieństwo, że wykryto w jego rozliczeniach nieprawidłowości. Co więcej, od 2026 roku organy skarbowe zyskają nowe, zaawansowane narzędzia kontrolne.
Organy podatkowe prowadzą kontrole dotyczące wszystkich kluczowych podatków. Eksperci przewidują, że w bieżącym roku nacisk nadal będzie kładziony na weryfikację rozliczeń VAT, CIT i PIT, ze szczególnym uwzględnieniem obszarów takich jak ceny transferowe.
Oskar Wala, starszy menedżer w dziale Doradztwa Podatkowego KPMG w Polsce, podczas Kongresu Finansowego KPMG, zwrócił uwagę na utrzymujący się trend spadkowej liczby kontroli, przy jednoczesnym zachowaniu ich wysokiej skuteczności w wykrywaniu nieprawidłowości.
Ekspert przewiduje zmianę tego trendu w 2026 roku, ponieważ organy podatkowe otrzymają nowe, potężne narzędzia kontrolne. Pozytywną informacją jest także planowane przez Ministerstwo Finansów wprowadzenie zmian w dwóch istotnych obszarach związanych z kontrolami: przedawnieniu zobowiązań podatkowych oraz odpowiedzialności członków zarządu i byłych członków zarządu za zaległości podatkowe firm.
**Czytaj też:** **Nowa interpretacja Krajowej Informacji Skarbowej zaskakuje wynajmujących. Dotyka wielu podatników**
Liczba kontroli podatkowych i celno-skarbowych w 2025 roku
Dane Ministerstwa Finansów za 2025 rok wskazują na spadek liczby kontroli celno-skarbowych oraz kontroli podatkowych, przy utrzymaniu bardzo wysokiego poziomu ich skuteczności, co obrazują poniższe tabele.
| Celno-skarbowe | Liczba zakończonych kontroli celno-skarbowych | Skuteczność kontroli celno-skarbowych |
|---|---|---|
| 2025 r. | 5113 | 91 proc. |
| 2024 r. | 7043 | 95 proc. |
| 2023 r. | 7186 | 93 proc. |
| 2022 r. | 4033 | 92 proc. |
| 2021 r. | 2966 | 91 proc. |
| Kontrole podatkowe | Liczba zakończonych kontroli podatkowych | Skuteczność kontroli podatkowych (proc.) |
|---|---|---|
| 2025 | 8722 | 98 proc. |
| 2024 | 9829 | 99 proc. |
| 2023 | 13023 | 93 proc. |
| 2022 | 18120 | 97 proc. |
| 2021 | 15781 | 97 proc. |
Rosnąca skuteczność urzędów celno-skarbowych – przyczyny
— Statystyki dotyczące kontroli celno-skarbowych pokazują, że w ubiegłym roku było ich mniej, jednak ich skuteczność pozostaje na wysokim poziomie. Oznacza to, że w przypadku przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej, istnieje ponad 90-procentowe prawdopodobieństwo stwierdzenia nieprawidłowości — wyjaśnia Oskar Wala.
Skuteczność kontroli jest definiowana jako stosunek liczby kontroli zakończonych stwierdzeniem nieprawidłowości do ogólnej liczby wszystkich zakończonych kontroli.
Dlaczego obserwujemy taki trend?
Według Oskara Wali, **organy podatkowe dysponują coraz większą ilością informacji pochodzących zarówno od podatników w trakcie kontroli, jak i z danych gromadzonych w ramach bieżącej działalności gospodarczej, takich jak raporty, deklaracje i inne informacje składane przez przedsiębiorców.**
— Dane z tych źródeł są analizowane, a na ich podstawie typowani są podatnicy do kontroli. **Nie są to zatem kontrole losowe, lecz celowane. Oznacza to, że organy podatkowe przeprowadzają kontrole w określonych sytuacjach, gdy istnieje wysokie prawdopodobieństwo wystąpienia nieprawidłowości u danego podatnika** — dodaje Oskar Wala.
Mniejsza liczba kontroli podatkowych, a skuteczność?
Liczba kontroli podatkowych (przeprowadzanych przez urzędy skarbowe) również uległa zmniejszeniu.
— Kontrole podatkowe mają nieco inny charakter. Najczęściej wszczynane są przez urzędy w sytuacji, gdy na przykład podatnik złożył korektę deklaracji, która wymaga analizy i weryfikacji przez urząd — tłumaczy Oskar Wala.
Spadek liczby kontroli jest również spowodowany faktem, że **urzędy coraz częściej przeprowadzają weryfikację rozliczeń w ramach czynności sprawdzających.** — Są one mniej sformalizowane, szybsze i wymagają mniejszego zaangażowania ze strony urzędnika — stwierdza Oskar Wala.
Eksperci spodziewają się dalszego wzrostu liczby czynności sprawdzających.
Należy przypomnieć, że dane Ministerstwa Finansów za 2024 rok już wykazały, że **organy podatkowe przeprowadziły ponad 500 tysięcy czynności sprawdzających.** Działania te przynoszą wymierne wpływy z dopłat podatków. W 2024 roku wyniosły one 6,5 mld zł, podczas gdy w 2023 roku kwota ta nie przekroczyła 4,8 mld zł. Liczba czynności sprawdzających systematycznie rośnie. Dane za 2025 rok nie są jeszcze dostępne.
Wpływ KSeF i JPK_CIT na kontrole w 2026 roku
Marcin Górniak, starszy menedżer w KPMG w Polsce, podkreśla, że kluczowe zmiany dotyczące kontroli w 2026 roku będą związane z wprowadzeniem Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) oraz Jednolitego Pliku Kontrolnego dla CIT (JPK_CIT).
**KSeF zapewnia fiskusowi stały i bieżący dostęp do faktur. — Organ ma dostęp nie tylko do kwoty i stawki VAT, ale również do szczegółowego opisu pozycji, nazwy, ilości oraz jednostki towarów i usług** — wyjaśnia ekspert. **Dane otrzymywane w czasie rzeczywistym mogą znacząco wspomóc organy administracji podatkowej w identyfikacji podmiotów do kontroli.**
Co więcej, organy skarbowe mogą integrować i analizować dane z KSeF, JPK_VAT, JPK_CIT, Centralnej Ewidencji i Informacji o Działalności Gospodarczej (CEIDG), Zakładu Ubezpieczeń Społecznych (ZUS), Systemu Teleinformatycznego Izby Skarbowej (STIR) oraz białej listy podatników. Jak zaznacza Marcin Górniak, pozwala to na kompleksową ocenę działalności i rozliczeń firm. — **Obecnie kontrole mogą przebiegać „w tle”, z wykorzystaniem algorytmów i systemów analitycznych Krajowej Administracji Skarbowej (KAS), co sprawia, że będą one jeszcze bardziej selektywne i oparte na analizie ryzyka, a nie na przypadkowości** — przekonuje Marcin Górniak.
Według ekspertów, kluczowe jest przygotowanie firm do kontroli poprzez przeprowadzenie tzw. „rachunku sumienia”, czyli weryfikację elementów wyniku podatkowego, które mogą budzić wątpliwości. **Warto również analizować aktualne obszary zainteresowania kontroli.** — Należy bezwzględnie przeanalizować koszty uzyskania przychodów i odliczenia VAT, a także sprawdzić **stawki VAT — podpowiada Marcin Górniak.**
**Organy administracji podatkowej mają możliwość weryfikacji zgodności opisu na fakturze ze zastosowaną stawką VAT, a także prawidłowości kwalifikacji towaru lub usługi. Należy również pamiętać, że fiskus może analizować umowy B2B i umowy zlecenia. — Wytyczne wynikające z art. 5b ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (PIT) są nadal aktualne** — podkreśla Oskar Wala.
Najczęściej weryfikowane obszary przez urzędy skarbowe i celno-skarbowe
Eksperci wskazują, że wiodące tematy kontroli pozostają niezmienione. Na liście najczęściej weryfikowanych obszarów znajdują się:
**— podatek u źródła (WHT – withholding tax),**
**— ceny transferowe (analiza tzw. wskaźników rynkowych – benchmarków, transakcji pożyczkowych, rozliczeń licencyjnych),**
**— VAT (wspomniane wcześniej odliczenia podatku naliczonego, prawidłowość stosowania stawek podatkowych),**
**— PIT.**
Co więcej, organy podatkowe coraz częściej korzystają z klauzuli generalnej przeciwko unikaniu opodatkowania. Analiza opinii zabezpieczających i odmów ich wydania pokazuje, że klauzula ta może być stosowana między innymi w odniesieniu do programów motywacyjnych, tworzenia polskich spółek holdingowych, fundacji rodzinnych czy estońskiego CIT. Dotyczy to rozwiązań korzystnych podatkowo, przynoszących wymierne korzyści finansowe, które – w uproszczeniu – mogą być stosowane w sposób niezgodny z zamysłem ustawodawcy.
Istotne zmiany dotyczące przedawnienia i odpowiedzialności członków zarządu
Eksperci KPMG zwrócili również uwagę na ważne zmiany prawne, które wpłyną na kontrole podatkowe i celno-skarbowe.
**Po pierwsze, dotyczą one przedawnienia zobowiązań podatkowych.** 3 lutego 2026 roku rząd przyjął projekt nowelizacji Ordynacji podatkowej. Z perspektywy kontroli i postępowań podatkowych kluczowe są dwie zmiany:
— Wyeliminowanie przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia poprzez wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe zgodnie z Kodeksem karnym skarbowym (uchylenie art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej); oraz
— Uchylenie art. 44 § 2 Kodeksu karnego skarbowego, który powiązał przedawnienie karalności przestępstwa skarbowego z przedawnieniem zobowiązania podatkowego (co wiąże się z uchyleniem art. 70 § 6 pkt 2 Ordynacji podatkowej).
Istotne zmiany dotyczą także **odpowiedzialności członków zarządu za zaległości podatkowe spółek.** W 2025 roku zapadły w tym zakresie dwa doniosłe orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (TSUE):
— Wyrok z lutego 2025 r. w sprawie C-277/24 (Adjak) – zgodnie z nim, członek zarządu odpowiedzialny za zaległości podatkowe ma prawo kwestionować ustalenia faktyczne i prawne dokonane przez organ podatkowy;
— Wyrok z kwietnia 2025 r. w sprawie C-278/24 (Genzyński) – odpowiedzialność członków zarządu jest ograniczona do zaległości podatkowych, których egzekucja od spółki okazała się całkowicie lub częściowo bezskuteczna. Członek zarządu lub były członek zarządu może zostać zwolniony z tej odpowiedzialności, jeśli przedstawi odpowiednie dowody.
W lipcu 2025 roku minister finansów wydał ważną interpretację ogólną dotyczącą odpowiedzialności członków zarządu za zaległości podatkowe spółek kapitałowych (po orzeczeniach TSUE). Ministerstwo Finansów na początku 2026 roku przedstawiło również projekt (nr UC 138) nowelizacji przepisów (art. 116 Ordynacji podatkowej), mający na celu wdrożenie tez orzeczeń TSUE do polskiego prawa podatkowego.
Autor: Łukasz Zalewski, dziennikarz działu Prawo Business Insider Polska
Dziękujemy, że przeczytałaś/eś nasz artykuł do końca. Bądź na bieżąco! Obserwuj nas w Google.
Wyniki Biznes Fakty:
- W 2025 roku odnotowano spadek liczby kontroli podatkowych i celno-skarbowych, jednak ich skuteczność nadal utrzymuje się na bardzo wysokim poziomie (powyżej 90%).
- Kontrole podatkowe są coraz częściej zastępowane mniej sformalizowanymi czynnościami sprawdzającymi, które jednak przynoszą znaczące wpływy (6,5 mld zł w 2024 r.).
- Od 2026 roku systemy takie jak KSeF i JPK_CIT znacząco zwiększą możliwości analityczne organów skarbowych, umożliwiając bardziej selektywne i oparte na ryzyku kontrole.
- Najczęściej weryfikowane obszary przez organy podatkowe to podatek u źródła (WHT), ceny transferowe, VAT (odliczenia i stawki) oraz PIT.
- Ważne zmiany prawne dotyczące przedawnienia zobowiązań podatkowych oraz odpowiedzialności członków zarządu za długi spółek wejdą w życie w 2026 roku, wprowadzając nowe regulacje wynikające m.in. z orzeczeń TSUE.
Na podstawie materiałów : businessinsider.com.pl